谍战剧《敌特在行动》讲述了二十世纪五十年代，从抗美援朝前线到西南城市巴州市公安局任二科副科长的陆飞，与战友们一起与国民党特务组织“玫瑰旅”斗智斗勇，最终破获敌特，保卫巴州安全的故事.

1951年秋，志愿军保卫干部陆飞从朝鲜战场复员归国。他被重新分配到西南某城市的公安部队去做公安干部，这时他意外得知了自己的身世。从小就是孤儿的陆飞从来没有亲人，组织上告诉他，他的母亲叫赵金迪，此时就在陆飞被派往工作的那个城市。陆飞归心似箭，立即踏上了寻亲的路程。西南某城市，公安部队科长董成正在进行一次对敌特的诱捕行动。女特务邓有恩被董成抓捕后，同意配合公安部队抓捕更大的特务头子。因为她有严重心脏病，市医院院长赵金迪亲自带医生对其看护。敌特一方制造混乱，抢走了邓有恩，并造成是赵金迪放走邓有恩的假象。赵金迪受怀疑而被捕。陆飞回到这个城市，他没想到从没在自己记忆中出现过的母亲正被怀疑成特务。报到后他成为董成的部下。董成对新来的这个同事很不友好，故意当着陆飞的面审讯赵金迪。赵金迪坚决否认自己是特务，并说出自己是一个为解放这个城市立过功的党的地下工作者。恼怒的董成对陆飞使用激将法，陆飞主动提出要审问赵金迪。董成故意向赵金迪说出了陆飞的身份，母子俩在审讯室里相见，母亲又欣喜又悲伤，但她无法解释清楚女特务为什么会在自己手里逃走。审讯结束的时候，赵金迪告诉陆飞，他的媳妇林秋影几个月前就回来了，也在她的医院工作。陆飞晕了，他怎么会有个媳妇。公安部队首长顾岩开会归来，他批评了董成违背亲属回避的原则让陆飞去审母，转而又告诉陆飞，组织上已经确认他这个儿子认错了，他并不是赵金迪的儿子。现在公安部队已经从内线得知赵金迪确实跟特务组织“玫瑰旅”有关系，不久后将有特务去与她接头。顾岩认为陆飞现在正好可以将错就错进一步利用这个母子关系查清赵金迪的真实背景...