《反恐疑云》以美国政府在911事件以后采取的引渡政策为切入点和背景，将政治、战争、惊悚等诸多元素较好地整合在一起，讲述了一名外裔美国公民被怀疑正在秘密实施一次恐怖行动，被 CIA抓捕并通过特殊引渡政策带到海外监狱进行关押和审讯的故事。

埃及裔美国人安瓦•艾尔•伊布拉西米（奥玛尔•梅特瓦利 饰）大约二十年前，从埃及移民到了美国，与漂亮的美国姑娘伊莎贝拉•菲尔兹（莉丝•维瑟斯彭 饰）成了家，夫妻恩爱生活美满，育有一子，伊莎贝拉肚子里的第二胎也日渐成型。 某日，安瓦•艾尔•伊布拉西米从南非出差回来，在华盛顿机场被神秘的黑衣人带走，原因是中央情报局认为身为化学品工程师的安瓦•艾尔•伊布拉西米是恐怖分子，想从他口中撬出有用的情报。倒霉的安瓦被“引渡”至埃及的开罗，交由驻扎在当地的中情局探员道格拉斯•弗里曼（杰克•吉伦哈尔 饰）和老奸巨猾的当地探员审讯。 另一方面，身怀六甲的伊莎贝拉，坚信丈夫是无辜的，四下奔走，努力寻找丈夫的下落。期间，她虽然幸运地获得旧情人（彼得•萨斯加德 饰）的帮助，但终究不足以国家强势机构对抗，一筹莫展。 与此同时，刚刚入行不久的特工道格拉斯•弗里曼，在目睹了CIA同事们对安瓦进行的非人道审讯时，也面临着良心的拷问。 安瓦是不是恐怖分子？伊莎贝拉能否和丈夫团圆？中情局新手道格拉斯•弗里曼，究竟在这场暗战中发挥了怎样的作用？对这一切疑问的解答，必将引向对“引渡”政策的重新审视。